Des complications peuvent survenir au cours de la maladie : une poussée grave par son intensité imposant l'hospitalisation, l'arrêt de l'alimentation et un traitement par perfusions pendant quelques jours ; un rétrécissement (sténose) d'un segment intestinal pouvant aboutir à une occlusion ; un abcès parfois source de fistule (trajet anormal partant de l'intestin malade et s'ouvrant dans un autre organe ou à la peau) ; très rarement une perforation intestinale.
