• La maladie de Crohn n'est pas une maladie « héréditaire » au sens propre du terme, mais il existe un facteur génétique de prédisposition à la maladie, le gène NOD2/CARD15 sur le chromosome 16 du génome humain. D'autres gènes sont vraisemblablement impliqués dans la maladie, comme le laissent supposer les études en cours.
• Il existe d'autre part des anomalies du système immunitaire intestinal expliquant l'importance et surtout la pérénnisation de l'inflammation intestinale, mais on ne sait pas encore quel(s) facteur(s) déclenche(nt) cette réaction immunitaire.
• Le rôle d'un facteur alimentaire a souvent été évoqué mais jamais confirmé.
• La discussion reste ouverte quant au rôle d'un agent infectieux, viral ou bactérien, mais la maladie de Crohn n'est pas une maladie« contagieuse ». La flore bactérienne résidente dans l'intestin joue certainement un rôle.
• Il ne s'agit pas enfin d'une maladie « psychosomatique » même si des facteurs psychologiques peuvent moduler l'évolution de la maladie de Crohn, comme celle de beaucoup d'autres affections.
• Parmi les facteurs d'environnement le rôle nocif du tabac est clairement établi.
