On évoque l'association de facteurs génétiques et environnementaux à une réponse anormale du système immunitaire. On sait aussi que le nombre de cas a fortement progressé au cours de la deuxième partie du XXe siècle dans les pays développés. Aujourd'hui, les pays qui connaissent la plus forte progression de la maladie sont les pays émergents. Notre mode de vie serait donc peut-être aussi en cause. Autre hypothèse, trop d'hygiène pendant l'enfance empêcherait le tube digestif de s'adapter à diverses bactéries et provoquerait à l'âge adulte une réaction excessive.
